When a friends said "I can't change myself," I wanted to tell her "いや、you can change yourself."
In this case, "いや" is "Yes" or "No," which is right?

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"I can't change myself." と言われたら、その人に
"No, you can change yourself!" と言うのが自然なのです。

でもその時にそういうのは少し強すぎるかなー

なぜなら "I can't change myself" と言う時には時々「自分で自分を変えたくない」というニユアンスもあります。

だって、西洋の女の子たちは「自分を変えてください」と言われるのがあまり好きじゃないかもしれません。

まぁ、文法としては正解ですけど！